Licencias médicas rechazadas por la COMPIN, la SUSESO o la isapre: cuándo prospera el recurso de protección según la Corte Suprema en 2026

La pregunta práctica

Una persona con licencias médicas continuas recibe una resolución de la COMPIN que las rechaza por «reposo no justificado»; reclama ante la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO), que confirma el rechazo, y deja de recibir el subsidio por incapacidad laboral. La pregunta que llega a la consulta es siempre la misma: ¿sirve el recurso de protección?

La respuesta corta, con la jurisprudencia de 2026 a la vista, es incómoda. Las Cortes de Apelaciones acogen con frecuencia estos recursos, sobre todo cuando la resolución no se hace cargo de los antecedentes clínicos. Pero la Tercera Sala de la Corte Suprema, conociendo de las apelaciones, ha revocado de manera reiterada esas sentencias: considera que la COMPIN y la SUSESO son organismos técnicos que actúan dentro de sus facultades cuando dejan constancia de los fundamentos médicos tenidos a la vista. Los casos que prosperan en la Corte Suprema son excepcionales y tienen un rasgo común: una motivación genérica, sin un juicio médico real frente a especialistas que prescribieron el reposo.

El marco legal en dos párrafos

El Decreto Supremo N°3 de 1984 del Ministerio de Salud, reglamento de autorización de licencias médicas por las COMPIN e instituciones de salud previsional, permite a la COMPIN, a la Unidad de Licencias Médicas o a la isapre rechazar o aprobar las licencias, reducir o ampliar el reposo o cambiarlo de total a parcial, dejando constancia de los fundamentos tenidos a la vista (artículo 16). Para resolver mejor, pueden disponer nuevos exámenes, interconsultas, visitas domiciliarias o informes del médico tratante (artículo 21), y deben pronunciarse en siete días hábiles, prorrogables, con un máximo de 60 días cuando se requieren exámenes; si no lo hacen, la licencia se entiende autorizada (artículos 24 y 25). El artículo 55 letra a) ordena el rechazo o la invalidación de la licencia cuando el trabajador incumple el reposo indicado.

La SUSESO, según la Ley N°16.395, resuelve las apelaciones y reclamos de los usuarios en materias no litigiosas y es la autoridad técnica de fiscalización del sistema. El recurso de protección del artículo 20 de la Constitución se interpone dentro del plazo fatal de 30 días corridos que fija el Auto Acordado de la Corte Suprema, contados desde el acto o desde que se tuvo conocimiento cierto de él. Los derechos que suelen invocarse son la integridad física y psíquica (artículo 19 N°1) y el derecho de propiedad sobre el subsidio (artículo 19 N°24).

Qué ha resuelto la Corte Suprema en 2026

1. La regla general: si la resolución deja constancia de fundamentos médicos, no hay arbitrariedad

El caso tipo es el de la Corte Suprema, Tercera Sala, rol 50.533-2026, 30 de septiembre de 2026. La Corte de Apelaciones había acogido la protección contra la confirmación del rechazo de unas licencias. La Corte Suprema revocó y rechazó la acción. En el considerando quinto sostuvo que las recurridas se ajustaron a su marco legal y reglamentario, «dejándose constancia, en los respectivos actos administrativos, de los fundamentos y antecedentes médicos tenidos en vista». En el sexto agregó que las medidas del artículo 21 del Decreto Supremo N°3 son una facultad del órgano, de modo que no pedir exámenes complementarios cuando sus médicos estiman suficientes los antecedentes «no deriva necesariamente en la falta de motivación». En el séptimo añadió que el plazo de los artículos 24 y 25 limita la posibilidad de practicar peritajes.

Hubo un voto en contra de la abogada integrante María Angélica Benavides, que estuvo por acoger: a su juicio, el organismo no especificó los fundamentos de su decisión ni decretó nuevos exámenes o una evaluación médica para esclarecer la condición actual de salud.

El mismo razonamiento, casi palabra por palabra, aparece en la Corte Suprema, Tercera Sala, rol 36.676-2026, 1 de julio de 2026, que también revocó una sentencia que acogía la protección. Esta vez el voto disidente fue de la ministra Adelita Ravanales, con los mismos argumentos. Para quien litiga, el dato importa: el resultado puede depender de la integración de la sala.

2. La excepción: rechazo genérico frente a especialistas, sin evaluación propia

El fallo que muestra cuándo sí prospera la protección es el de la Corte Suprema, Tercera Sala, rol 4.963-2026, 31 de marzo de 2026. Un oficial del Ejército impugnó el rechazo de licencias de reposo total otorgadas por psiquiatras del Hospital Militar de Santiago. La Comisión de Sanidad del Ejército las rechazó y luego confirmó el rechazo, afirmando que el recurrente no aportó antecedentes que justificaran un reposo prolongado.

La Corte revocó la sentencia de la Corte de Apelaciones de San Miguel y acogió el recurso. En el considerando cuarto razonó que la sola invocación genérica de un dictamen de la SUSESO, sin un examen o peritaje complementario que contrastara fundadamente las conclusiones de los especialistas de la propia institución, priva al acto de «una fundamentación técnica suficiente». En el sexto descartó que pudiera reprocharse al recurrente no haber aportado más antecedentes, porque la ficha clínica estaba en el Servicio de Psiquiatría del mismo hospital y la Comisión tenía acceso a ella. Y en el séptimo precisó que no se trata de sustituir el juicio técnico del órgano, sino de constatar que no fue ejercido. Lo ordenado fue dejar sin efecto el rechazo y que la Comisión practicara una nueva evaluación médica para resolver fundadamente. La decisión fue dividida: los ministros Omar Astudillo y Gonzalo Ruz votaron por confirmar el rechazo.

El caso se rige por el estatuto del personal de las Fuerzas Armadas, no por la COMPIN, y se decidió por estrecho margen. Aun así, es el mejor argumento disponible para licencias de salud mental extendidas por especialistas: el problema no es que el organismo discrepe, sino que discrepe sin examinar.

3. Viaje al extranjero durante el reposo: la Corte no admite matices

En la Corte Suprema, Tercera Sala, rol 22.327-2026, 14 de mayo de 2026, la recurrente impugnó el rechazo de su licencia por haber viajado fuera del país durante el reposo, alegando que no se consideraron sus circunstancias personales. La Corte de Apelaciones acogió; la Corte Suprema revocó. En el considerando sexto estableció que, según los antecedentes, el reposo no se cumplió porque la recurrente salió del país, por lo que «se configura el presupuesto contemplado en la norma», es decir, el incumplimiento del artículo 55 letra a) del Decreto Supremo N°3. La recurrida había destacado que el viaje no fue prescrito ni justificado por el médico como necesario para la recuperación.

El viaje tiene además consecuencias fuera de la licencia. En la Corte Suprema, Tercera Sala, rol 47.515-2026, 30 de septiembre de 2026, Isapre Banmédica puso término al contrato de salud de un afiliado por la causal del artículo 201 N°3 del DFL N°1 de Salud (impetrar u obtener beneficios indebidos), tras detectar viajes al extranjero durante licencias médicas. La Corte revocó la sentencia que acogía la protección: como era un hecho que el afiliado salió del país estando con licencia, los derechos invocados no tenían el carácter de indubitados y el asunto desbordaba la acción cautelar (considerando sexto).

Y en el sector público, la Corte Suprema, Tercera Sala, rol 27.309-2026, 25 de agosto de 2026, confirmó la destitución de un funcionario de la Municipalidad de Lo Barnechea por usar una licencia médica para un viaje fuera del territorio nacional. En el considerando tercero calificó esa conducta como una vulneración grave de la probidad cuya sanción asociada es la destitución, «según ha venido sosteniendo esta Corte», y descartó vicios en el sumario.

4. Lo que sí acogen las Cortes de Apelaciones (y por qué importa)

Las Cortes de Apelaciones siguen acogiendo, y sus sentencias muestran qué prueba convence. En la Corte de Apelaciones de Valparaíso, rol 5.421-2026, 8 de octubre de 2026, se impugnó la confirmación del rechazo de seis licencias por 180 días por «reposo no justificado». La Corte acogió: en el considerando décimo dio por acreditadas las patologías en tratamiento, la espera de atención por especialistas y una solicitud de invalidez pendiente, lo que «desvanece el fundamento» de que el reposo no tuviera fin terapéutico; no se puede trasladar a la paciente la demora de los servicios de salud. Ordenó pagar el subsidio dentro de 15 días. También rechazó la alegación de extemporaneidad, contando los 30 días desde la resolución de la SUSESO que se impugnaba (considerando segundo).

En la Corte de Apelaciones de Rancagua, Segunda Sala, rol 451-2026, 13 de octubre de 2026, la recurrente tenía licencias rechazadas por un síndrome de túnel carpiano severo, en lista de espera para cirugía. La Corte observó que la SUSESO resolvió solo con los antecedentes aportados por la reclamante, sin peritaje ni evaluación, y que así la decisión carecía de la motivación exigida por el artículo 11 de la Ley N°19.880 (considerandos sexto y séptimo). No ordenó pagar, sino practicar un peritaje médico presencial y volver a resolver. Hubo voto en contra.

Ambos fallos son apelables y la línea de la Tercera Sala es un riesgo real de revocación; sirven, sobre todo, para saber qué antecedentes reunir desde la reclamación administrativa.

Cuándo se acoge y cuándo se rechaza

Tiende a rechazarse (en la Corte Suprema):

• Cuando la resolución de la COMPIN o la SUSESO deja constancia de los fundamentos médicos y los antecedentes clínicos tenidos a la vista, aunque no se hayan pedido exámenes adicionales.
• Cuando consta que el trabajador salió del país durante el reposo, sin que el viaje haya sido prescrito por el médico.
• Cuando se impugna el término del contrato de isapre o la destitución de un funcionario por viajar con licencia: la Corte lo trata, respectivamente, como un debate que excede la protección y como falta grave a la probidad.

Puede acogerse:

• Cuando el rechazo es genérico y contradice a especialistas sin examen, peritaje ni revisión de la ficha clínica disponible.
• Cuando la resolución no se hace cargo de antecedentes nuevos o sobrevinientes, como la derivación a especialistas, una cirugía pendiente o una solicitud de invalidez en trámite.
• Cuando el organismo exige al paciente antecedentes que obran en poder del propio sistema de salud.

Qué prueba pesa y errores frecuentes

• Reclamar primero y bien. El acto que suele impugnarse es la resolución de la SUSESO que resuelve la reclamación contra la COMPIN. Lo que no se acompañó en sede administrativa difícilmente convencerá después: informes actualizados del tratante, interconsultas, listas de espera y constancia de tratamiento.
• Cuidar el plazo. Son 30 días corridos y quien recurre debe probar cuándo tomó conocimiento: conviene guardar la notificación de la resolución de la SUSESO.
• No discutir el viaje como si fuera irrelevante. Si hubo salida del país durante el reposo, la Corte Suprema da por configurado el incumplimiento. La única defensa útil es que el traslado haya sido prescrito o justificado médicamente, y eso debe constar.
• Apuntar al vicio correcto. La Corte no reemplaza el juicio médico del organismo. El argumento que funciona es la falta de un juicio técnico real (rechazo genérico, sin contraste con especialistas, sin considerar antecedentes nuevos), no la mera discrepancia con la decisión.
• Pedir lo que corresponde. Según el vicio, la orden puede ser pagar el subsidio o anular la resolución para que se haga un peritaje y se resuelva de nuevo; conviene pedir lo segundo en subsidio de lo primero.

Tabla resumen

| Tribunal y rol | Fecha | Resultado | Criterio | |---|---|---|---| | Corte Suprema, Tercera Sala, rol 50.533-2026 | 30 de septiembre de 2026 | Revoca y rechaza la protección (con voto en contra) | Hay fundamentación si constan los antecedentes médicos; pedir exámenes es facultativo | | Corte Suprema, Tercera Sala, rol 36.676-2026 | 1 de julio de 2026 | Revoca y rechaza la protección (con voto en contra) | Mismo criterio; la ministra Ravanales estuvo por acoger | | Corte Suprema, Tercera Sala, rol 4.963-2026 | 31 de marzo de 2026 | Revoca y acoge; ordena nueva evaluación médica | Rechazo genérico frente a psiquiatras institucionales, sin peritaje: arbitrario | | Corte Suprema, Tercera Sala, rol 22.327-2026 | 14 de mayo de 2026 | Revoca y rechaza la protección | Salir del país durante el reposo configura el artículo 55 a) del DS N°3 | | Corte Suprema, Tercera Sala, rol 47.515-2026 | 30 de septiembre de 2026 | Revoca y rechaza la protección | Término del contrato de isapre por viajes durante licencia: derecho no indubitado | | Corte Suprema, Tercera Sala, rol 27.309-2026 | 25 de agosto de 2026 | Confirma el rechazo | Destitución por usar la licencia para viajar: falta grave a la probidad | | Corte de Apelaciones de Valparaíso, rol 5.421-2026 | 8 de octubre de 2026 | Acoge; ordena pagar el subsidio en 15 días | Resolución que ignora tratamiento en curso e invalidez pendiente | | Corte de Apelaciones de Rancagua, Segunda Sala, rol 451-2026 | 13 de octubre de 2026 | Acoge; ordena peritaje presencial | Rechazo sin evaluación del paciente carece de motivación |

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